stepic77:I clienti, ora sono 2 ma possono diventare n (spero anche il prima possibile), mi consigliate l'uso del partitioning?
Si, non tanto per una questione di performance, ma per una questione di flessibilità nella manutenzione.
Nel caso dovessi ricaricare tutti i dati di un clienti potresti lavorare solo sulla sua partizione, evitando di "dare fastidio" agli altri.
stepic77:Posso integrare il partitioning nel db in produzione con un semplice alter table?
Si e No
Si nel senso che in effetti pui fare tutto utilizzando ALTER TABLE ma devi prima crearti la partition function ed il partition schema. Dopodiche devi utilizzare ALTER TABLE per far si che la tua tabella non faccia riferimento ad un filegroup ma al partition schema.
Kimberly ha scritto un bel whitepaper sull'uso del partitioning:
http://www.ugiss.org/Content/Article/Partitioned-Tables-and-Indexes-in-SQL-Server-2005.aspx
stepic77:Devo creare/aggiungere un FILEGROUP per ogni cliente?
Non è obbligatorio ma è sicuramente sensato 
stepic77:Posso utilizzare il partitioning solo su una parte di primary key (FK_ID_CLIENTE)
Si, ma leggi bene il documento di Kimberly per capire come strutturare correttamente la logica di partizionamente, specificando anche i CHECK constraint necessari in modo che sia possibile benificiare della possibilità di fare switch-it e switch-out delle partizioni.