Il Lookup Component di SSIS è molto utile ma a volte riserva brutte sorprese, specialmente se la tabella da interrogare è molto pesante. Anche se non è il componente migliore per fare lookup di una surrogate key all'interno di un datawarehouse (a questo scopo preferisco sempre usare un Sort e un Left Merge Join, molto più performante) è possibile migliorare le performances adottando alcune semplici best practices che potete leggere in questo articolo:
http://blogs.msdn.com/sqlperf/archive/2007/04/24/getting-optimal-performance-with-integration-services-lookups.aspx