E’ stato rilasciato, praticamente in concomitanza con la Cumulative Update 2 di SQL Server 2008 R2 un update per Master Data Services che, tra le altre cose, risolve il piccolo-grando bug che impediva, in alcuni casi, la pubblicazione delle Business Rules create.
http://support.microsoft.com/kb/2143880
Ora funziona tutto, provato di persona :)